Prvýkrát v histórii odohrá extraligu trinásť mužstiev a aj táto skutočnosť si vynútila úpravu hracieho modelu. Základná časť bude pozostávať z dvoch častí. V tej prvej absolvujú mužstvá 48 kôl systémom doma - vonku, pričom jednotlivé tímy sa s každým súperom stretnú štyrikrát. Tabuľka po 48. kole rozdelí účastníkov najvyššej súťaže na dve skupiny, najlepšia šestica bude tvoriť prvú skupinu a mužstvá na 7. - 13. pozícii druhú. V skupine o 1. - 6. miesto budú celky bojovať o nasadenie do play-off, zostávajúca sedmička sa „popasuje“ o ostatné dve miestenky do vyraďovacej časti. Kolektívy, ktoré po nadstavbe obsadia 9. - 12. priečku, odohrajú šesťkolovo skupinovú fázu o záchranu.
Tímy na konečnom 11. a 12. mieste čaká na záver sezóny baráž s dvoma najlepšími mužstvami druhej najvyššej súťaže. Špecifikom baráže je skutočnosť, že mužstvo na poslednej priečke extraligy sa stretne s víťazom 1. HL, no výhodu prvých dvoch domácich duelov aj rozhodujúceho siedmeho stretnutia bude mať klub z nižšej súťaže. Naopak, v zápase jedenásteho mužstva s druhým klubom 1. ligy bude mať hendikep jedného duelu u súpera navyše prvoligista.
Extraligové play-off sa odohrá rovnako ako počas ostatných sezón, na treťom mieste sa umiestni neúspešný semifinalista, ktorý bude po nadstavbe figurovať na vyššej pozícii. Do nadstavbovej časti, respektíve skupiny o záchranu si mužstvá so sebou prenášajú plný počet bodov, ktorý nazbierali počas celého priebehu sezóny.
Model a časový rozpis Slovnaft extraligy 2008/09: Základná časť - 48 kôl - od 5. septembra 2008 do 25. januára 2009; Nadstavba - skupina o 1. - 6. miesto: 10 kôl - od 27. januára 2009 do 24. februára 2009, skupina o 7. - 13. miesto: 14 kôl - od 27. januára 2009 do 27. februára 2009; Play-off (mužstvá na 1. - 8. mieste po nadstavbe) - štvrťfinále: na 4 víťazstvá - od 28. februára 2009 do 13. marca 2009, semifinále: na 4 víťazstvá - od 16. marca 2009 do 29. marca 2009, finále: na 4 víťazstvá - od 1. apríla 2009 do 12. apríla 2009; O záchranu (mužstvá na 9. - 12. mieste po nadstavbe) - 6 kôl - od 1. marca 2009 do 17. marca 2009; Baráž (11. a 12. mužstvo extraligy a 1. a 2. tím z 1. HL) - na 4 víťazstvá - od 23. marca 2009 do 3. apríla 2009.